Die Amphitrite wurde nach einer mythologischen Meeresnymphe benannt. Das Schiff wurde von 1884 bis November 1887 in Gosport bei Camper & Nicholsons in Teak auf Eiche als zweimastiger Renn-Schoner gebaut. Mit ihren ursprünglichen 1300 Quadratmetern an Segelfläche wurde Amphitrite von ihrem ersten Eigner, Oberstleutnant Alexander Donald McGregor aus Somerset in Großbritannien, als Rennyacht genutzt.
1893 ging das Schiff in den Besitz von Sir Frederick Willis aus London über. Zwischen 1894 und 1897 segelte Amphitrite bei mehreren Regatten, wie zum Beispiel dem Jubilee-Cup 1894, mit. 1897 gewann sie auf der Kieler Woche den "Extra-Preis für englische Kreuzeryachten". Ihr neuer Eigner, Alfred Henry Littleton aus London, segelte die Yacht unter anderem auf der Dover-Helgoland-Regatta.
In den Folgejahren wechselte Amphitrite mehrfach Eigner sowie Namen:
Als sie 1900 von A. Spence Hitchman aus Dorset übernommen wurde, wurde sie in Dolores umbenannt. 1906 ging sie an Henry Ulick Lascelles (Fifth Earl of Harewood, Leeds) und 1911 an George Hamilton Fletcher aus Dorset über, der sie in Joyfarer umtaufte. Beim nächsten Eignerwechsel, an Henry Peech aus London, erhielt sie den Namen Hinemoa. In den weiteren fünf Jahren wurden mehrere Änderungen am Schiff durchgeführt, so wurden eine elektrische Beleuchtung und Decksaufbauten in Stahl auf dem Vorschiff und in Holz auf dem Achterdeck installiert; auch erhielt das Schiff 1915 erstmals eine Maschine (zwei Achtzylinder-Paraffin-Motoren). 1919 ging das Schiff an Lancelot W. Dent aus London, der eine Funkanlage einbaute. 1921 wurde Leutnant Älla Molgneux Berkeley Gage aus Falmouth neuer Eigner, der das Schiff im folgenden Jahr zurück in Amphitrite umbenannte und 1925 die Maschine gegen zwei Vierzylinder-Paraffin-Motoren austauschte. Nach kurzer Zeit unter den Eignern Leutnantoberst Arthur Jocelyn Gare ab 1937 und Leutnantoberst A. G. Arundel Evans aus Dartmouth ging das Schiff 1942 in das Eigentum der Britischen Admiralität über. Noch im gleichen Jahr wurde es nach Entfernung des Riggs als Ballonsperre im Sund von Plymouth eingesetzt, um den Hafen vor Tieffliegern zu schützen, bis es 1944 bei Chadder Blancs Yard in Salcombe aufgelegt wurde.
Nach dem Krieg wurde die Amphitrite 1946 von der Britischen Admiralität zum Verkauf freigegeben und von Geoffrey Blundell aus Salcombe erworben. Ein Jahr später ging sie an Oberst W. F. Charter, ebenfalls Salcombe, der sie unter anderem bei der Bauwerft Camper & Nicholson restaurierte. Ohne dass das Rigg ersetzt worden wäre, wurde die Yacht von 1950 bis 1955 als Wohnsitz der Familie Charter auf Reede vor Salcombe eingesetzt.
Als sie anschließend von Intermar Trading Co. Ltd. (Salcombe) erworben wurde, riggte diese sie zum Dreimastgaffelschoner um. Ab 1957 wurde sie vor allem im Mittelmeer eingesetzt, zunächst unter dem Eigner Clive P. B. Stevenson (Salcombe) und ab 1958 unter dem schwedischen Eigner Bertil Harding. 1964 ging das Schiff in das Eigentum von John Lennart Ostermann über, der in Stockholm und San Remo lebte. Es wurde in Amphitrite af Stockholm umbenannt, erhielt zwei neue Motoren (zwei Volvo Penta mit je 95 PS) und wurde zur Dreimastbarkentine umgebaut. Nach nur zwei Jahren kam es zu einem neuen Eignerwechsel François Spoerry aus Mülhausen erwarb das Schiff. Entweder zu diesem Zeitpunkt oder drei Jahre später, als die Horst Film GmbH & Co. KG aus Berlin die Yacht übernahm, wurde der Name zurück in Amphitrite geändert. Bis 1971 ließ das Unternehmen die Yacht in Vorbereitung für Filmeinsätze umfangreich renovieren und ausbauen. Dazu gehörten ein achterlicher Anbau an das Deckshaus, der mit modernen Instrumenten als Navigationsraum ausgerüstet wurde, der Einbau einer neuen Maschine (zwei Mercedes-Sechszylinder-Dieselmotoren OM 355 mit je 230 PS) und Generatoren (zwei Mercedes-Sechszylinder-Dieselmotoren OM 352 mit je 110 PS, mit einer Leistung von je 45 kW) sowie von Klimaanlage, Duschen, Geschirrspüler, Gefrierschränken usw. (heute allesamt nicht mehr an Bord). Außerdem wurden Rigg und Segel teilweise erneuert, wonach die Segelfläche bei etwa 750 Quadratmetern lag. 1971 übernahm die Amphitrite-Schiffahrts-KG aus Berlin das Schiff und setzte die Amphitrite bis 1972 für die 26-teilige Fernsehserie Graf Luckner und den Fernsehfilm Das Geheimnis der Mary Celeste ein.
Anschließend wurde die Amphitrite als Filmschiff nicht mehr genutzt. 1973 interessierte sich daraufhin der Verein Clipper - Deutsches Jugendwerk zur See e.V. (Clipper DJS) für den Dreimaster und überführte ihn nach Deutschland. Auf der Fahrt geriet die Amphitrite in einen starken Mistral und trug schwere Schäden davon, unter anderem brach der Fockmast. Für 500.000 Deutsche Mark erwarb der Verein 1974 das Schiff und ließ es bis 1976 bei der Lloyd Werft Bremerhaven reparieren (seither Fockmast aus Stahl) und für den Betrieb mit jungen Besatzungen umbauen. Dazu wurde die Amphitrite wieder als Dreimastgaffelschoner getakelt, damit das Rigg vollständig von Deck aus bedienbar ist; nur die Breitfock, die vor allem bei achterlichen Winden zusätzlich gesetzt werden kann, erfordert es seither noch, die Wanten hochzuentern. Die Segelfläche wurde dabei auf 600 Quadratmeter reduziert. Außerdem wurden eine große Zahl zusätzlicher Kojen eingebaut, im Deckshaus auf dem Vorschiff Toiletten installiert und im achterlichen Deckshaus eine Kombüse eingerichtet. Am 1. Mai 1976 lief der Dreimaster zu seiner ersten Fahrt für Clipper aus.
Seither segelt die Amphitrite für Clipper DJS, Haupteinsatzgebiet ist die deutsche und dänische Ostsee mit Schwerpunkt dänische Südsee. Der Gaffelschoner hat in dieser Zeit an Regatten der Sail Training Association (Tall Ships' Races) und an der Hanse Sail teilgenommen. Vom Winter 2004 bis Frühjahr 2006 wurde die Amphitrite in Hamburg-Harburg und im Dock der Werft Ring-Andersen im dänischen Svendborg für einen sechsstelligen, aus Spenden und Krediten finanzierten Betrag überholt, wobei unter anderem der Klüverbaum und das vordere Deckshaus sowie die Kojen im Vorschiff erneuert wurden. Seitdem ist die Amphitrite wieder von Mai bis Oktober auf der Ostsee unterwegs und verbringt ihre Winterliegezeiten im Harburger Binnenhafen oder im dänischen Svendborg. Seit 2007 nimmt sie jährlich an der Kieler Woche teil und ist seit 2009 auch während des Hamburger Hafengeburtstags anzutreffen, wo sie meist im Sandtorhafen nahe der Elbphilharmonie in diesen Tagen auch oft (kostenlos) besichtigt werden kann. 2012 feierte der Verein ihren 125. Geburtstag.